MovieClip._lockroot = trueは重要

またMacromediaにやられました。

やりたかったことは外部swfを読み込んで外部swfのなかにwindowコンポーネントを配置したいという単純なものでした。
しかしそのままやっても動作しないわけです。

...と半年前ぐらいから悩んでたんですがついに解決。
答えは

MovieClip._lockroot = true

これで外部swfは読み込みswfのライブラリではなく自分自身のライブラリを参照するということでした。